Glavni odbor je izvršni organ Zveze ŠKIS, ki za svoje delo odgovarja Svetu Zveze ŠKIS.

Poleg predsednika Zveze ŠKIS in predsednika Sveta ŠOLS, Glavni odbor sestavljajo podpredsednik, blagajnik, administrator ter 4-6 članov, ki opravljajo dela na področjih sociale in zdravstva, visokega šolstva, mednarodnega sodelovanja mladinskih organizacij, dijaškega organiziranja v okviru Zveze ŠKIS, izobraževanja in ostalih področjih, povezanih s skupnostjo študentov.

Način delovanja, pravice, dolžnosti ter organizacijo Glavnega odbora ureja Poslovnik Glavnega odbora Zveze ŠKIS.