Glavni odbor je izvršni organ Zveze ŠKIS, ki za svoje delo odgovarja Svetu Zveze ŠKIS in Nadzorni komisiji Zveze ŠKIS.
Poleg predsednika Zveze ŠKIS in predsednika Varnostnega sveta Glavni odbor sestavljajo blagajnik in 2–4 člani, ki opravljajo dela na področjih operativnega delovanja, sociale in zdravstva, visokega šolstva, mednarodnega sodelovanja mladinskih organizacij, izobraževanja ter tudi na ostalih področjih, povezanih s skupnostjo študentov.
Način delovanja, pravice, dolžnosti ter organizacijo Glavnega odbora ureja Poslovnik Glavnega odbora Zveze ŠKIS.
